Das Museum in der heutigen Form besteht seit 1995 und ist als Ortsmuseum gestaltet. Das Gebäude wurde 1780 als Schulhaus erbaut und 1824 mit einem Anbau für die Lehrerwohnung erweitert. Schon vor 1780 wurde das an dieser Stelle stehende Gebäude als Schulhaus benutzt. Ursprünglich stand an dieser Stelle der 995 erstmals erwähnte reichenauische Fronhof.
Die vier bisherigen Räume des Museums beherbergen die Dauerausstellungen:
- Geologie / Urgeschichte,
- Dorfgeschichte / Schulwesen,
- Handwerk und Brauchtum, StSS (Strassenbahn Schaffhausen - Schleitheim)
- Sammlung Härtenstein.
Der Verein für Heimatkunde, als Betreiber des Museums, veranstaltet im fünften Raum periodische Sonderausstellungen.
Seit dem Herbst 2003 sind die Räume der alten Lehrerwohnung renoviert. In einem der neuen Ausstellungsräumen konnten wir am 24. September 2004 die neue Dauerausstellung zum Thema der Schleitheimer Täufer eröffnen.
